1. PaCS-Toolkit User Guide
2. 1. Quick Start
3. 2. Install
4. 3. mdrun
5. 1. 3.1. Overview
   2. 3.2. Basic
   3. 3.3. Simulator
   4. 3.4. Analyzer
   5. 1. 3.4.1. rmsd
      2. 3.4.2. target
      3. 3.4.3. dissociation
      4. 3.4.4. association
      5. 3.4.5. a_d
      6. 3.4.6. ee
      7. 3.4.7. template
   6. 3.5. Input file
   7. 3.6. Reference
6. 4. rmmol
7. 5. rmfile
8. 6. fit
9. 7. genrepresent
10. 8. gencom
11. 9. genfeature
12. 1. 9.1. comdist
    2. 9.2. comvec
    3. 9.3. rmsd
    4. 9.4. xyz
13. 10. FAQ